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第一集标记之谜
同年毕业的数名学生连续在森林里被奇怪地杀害，并且他们的背上都有相同的标记。联邦调查局探员摩特和他的新搭档史高莉被派去调查这类被称为X档案的案件。经过一番调查后，发现凶手原来是有同样标记的植物入比利。当比利要杀害最后一个有标记的泰瑞莎时，一片强光晃过，他们背上的标记都消失了，一切都恢复了正常。
第二集新型武器
在艾伦斯空军基地的附近，住着许多飞碟迷，他们认为在这里经常能够观察到飞碟的行踪。摩特和史高莉接到报案说参加过秘密飞行计划的布达哈斯上校被军方带走后失踪了四个月。摩持怀疑回来后的布达哈斯被洗去了部分记忆，于是想去调查其中的真伪。然而在摩特终于了解真相后，他发现自己也被洗去了部分记忆。
第三集变形人
城里连续发生四起命案。摩特和史高莉发现这些命案与30年代和60年代发生的连续杀人案在作案手法上同出一辙，死者的肝脏部被掏走了。他们怀疑这些都是一个名叫杜温的人干的，并且认为他是20世纪基因突变人种。他每沉睡30年后就要吃掉5个人的肝脏以作为下一次沉睡的营养给养。当杜温将魔爪伸向最后一个猎物—史高莉时，被摩特和史高莉当场抓获。
第四集丛林恶魔
在新泽西的丛林里，人们发现了一具被吃掉腿的男尸，尸体上的齿痕属于人类。摩特和史高莉发现50年前这里曾发生过相同的命案。不久后，又有人在丛林中发现一具长发男尸，被确认是野人，死亡时间为6至8个月。摩特认为他们现在要找的丛林恶魔是个女性野人。在摩特就要活捉到野人时，当地警方将野人射杀，因为他们不愿将此事公布于众。
第五集智能杀手
欧瑞斯公司的总裁在公司大厦中触电身亡，摩特的前搭档杰瑞克也在调查过程中在大楼里坠梯丧命，这一切表明大楼的中央控制系统发生了故障。开始摩特和史高莉怀疑这一切都是系统的设计师布莱克所为，但经过深入调查，他们终于发现凶手却是系统本身。原来它已成为一部杀人机器，设计者最终用病毒杀死了自己的“杰作”。
第六集极地之旅
在极地考察站中，冰点计划小组成员全部因互相残杀致死。摩特和史高莉奉命前往调查；随行的还有三位科学家和一名向导。到达出事地点后，他们发现死者的体内都有一种不知名的可以让人产生极强暴力倾向的寄生虫。这种寄生虫可能是被陨石带到极地的不名生物。随行中的贝尔和莫非因寄生虫相继死去；而刚染上寄生虫的达西娃被隔离起来，直到确认她不会传染为止。
第七集夏娃
在相隔三千英里的地方，同时发生了两起作案手法相同的男性死亡案件，更巧的是受害者的女儿竟长的一模一样，并且都是在同一家医院进行人工受精而产下的。原来她们是因肯翠克医生制造出来的优化人种。同样肯翠克医生本人也是50年代利奇园实验中的人种实验品。肯翠克制造出来的这两个女孩超出了她的控制能力，她们不仅杀死了各自的父亲，还连手将肯翠克杀死。当这两个女孩对摩特和史高莉下手时，被抓住送进了监狱。
第八集报复行动
银行里发生了一起命案，摩特怀疑这是由他亲手送进监狱并在十年前已经死在狱中的巴尼特卡的。经达调查摩特发现，原来当年巴尼特并没有死。而是被瑞榜里医生作为研究人体老化颠倒的实验品了。当巴尼特获得自由后，开始对摩特进行一系列的报复行动，最终被摩特击毙。
第九集生物灾害
在森林中有30个伐木工神秘地消失了。6o年前这里也发生过同样的案件，摩持和史高莉决定深入调查。在森林中，他们发现挂在树上的大茧里有一具干尸。原来森林里有无数的不明小虫.它们可能是几百万年前的虫卵被吸附在古树的树干中，而伐木工的砍伐正好将他们释放出来。这些小虫可以吸干人的体液并将干尸包在茧中，它们唯一惧怕的是光亮。
第十集血脉相连
研究流体动力学的四位博士中，有三位相继死去.摩特和史高莉负责调查此案。在调查过程中发现，实验室工人罗兰虽然智商低下，但却有超人的数学天赋，并且和死去的亚瑟博士是双胞胎，亚瑟虽然死了，但他被保存的大脑却控制着罗兰杀死了两位博士，并完成了自己生前未完成的实验项目。
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