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第十一集最高机密
仅仅由于交通违规就被列为十大通缉要犯，这样的案件引起了摩特和史高莉的兴趣。可他们没想到这却是最高机密。原来逃犯竟是人类与外星人的混血儿。为了使这个机密不被泄露，黑色组织销毁了这个人证及所有物证，并用摩持做人质换取了史高莉设法得到的外星人基因。当大家以为一切都结束时，最高行政部却将摩特和史高莉停职了。
第十二集
小绿人被迫停止X档案调查工作的摩特继续寻找证据来证实外星人的存在。他得知波多黎各有个被废弃的射电望远镜，即刻飞往了那里。随后摆脱监视的史高莉也跟踪而至。在波多黎各的摩特不厌其烦地听着那一卷卷磁带。突然，令人恐惧的噪声传来。摩特在那儿发现的一名叫乔治男子被吓死在了野外。接着令人眩晕的亮光和一股巨大的力量控制了整个建筑和摩特。唯一的证据—一盘录音带也被洗掉了。
第十三集污水怪
摩特接到新的任务去调查新泽西州的一件神秘的谋杀案。摩特认为这只是普通的刑事案，因而对上司斯金纳不满。史高莉在做尸检时发现了一个虫子样的生物；同时一个环卫工人在作业时遭受怪物袭击。经调查发现，怪物是一种人类动物，而尸体内的虫子就是它的幼虫。怪物逃进污水处理厂并试图逃向大海，摩特扳动铁闸将其拦腰切断。
第十四集血怖
富兰克林镇发现一连串奇怪的暴力杀人案件，均系小镇内中等收入阶层的普通居民所为。他们在电子器件的屏幕上发现无端的“杀人”“血”字样而失去控制杀人。在史高莉对犯人的尸检中发现了其体内含的一种LSD的化学物质，使得摩特怀疑这与富兰克林镇在农作物上喷洒的有害杀虫剂有关。他说服了镇长停止药物的使用，并对所有居民进行血检。从中又发现另一名潜伏罪犯，将他抓获归案。
第十五集无眠者
纽约研究睡眠综合症的著名医生索尔·格里森和越战的一些老兵先后离奇死去。摩特和克里奇柯奉命们查此案。通过神秘人物的指点，摩特找到了另一名幸存的越战老兵，得知凶手是绰号为“牧师”的考尔。他们都是美国军队进行无睡眠实验的牺牲品。摩特为揭露此事，说服考尔投降。正在这时，克里奇柯举枪打死了考尔。
第十六集杜恩·贝利
一名自称被外星人绑架过的前联邦调查局特工杜恩·见利劫持了四名人质，并要求送他和他的人质去某个外星人降落的地点。奉命进行人质谈判的摩特通过交谈赢得了杜恩的信任，并将其抓获送往医院。经检查，发现杜恩的体内确实有他所说的植入物。当摩特准备进一步调查时，杜恩邦逃出医院，绑架了史高莉。
第十七集绑架
杜恩·贝利在绑架了史高莉后，驱车赶往外星人的降落地点。摩特通过调查，终于弄清贝利要去的地方是弗吉尼亚州的斯凯兰德山。摩特在山顶抓获了贝利，但却找不到史高莉的踪影。不久；在押的贝利突然暴毙。摩特认为和他一起办案的科里奇克具有很大嫌疑，吸烟人很可能是整个事件的幕后操作者。科里奇克的突然失踪证实了摩特的猜测。斯金纳在毫无选择的情况下，重新开始了对X档案的调查。
第十八集生命垂危
生命垂危的史高莉神秘地出现在当地的一家医院里，摩特因找不到任何有关线索而束手无策。孤独枪手成员发现史高莉的免疫系统受到破坏；她将不久于世。摩特通过斯金纳找到了吸烟人。但所有的牌都掌握在吸烟人的手里。摩特因无法继续调查而提出了辞职。看着濒临死亡的史高莉但无法为其报仇，摩特痛苦异常。正在这时，史高莉奇迹般地恢复了知觉。
第十九集火山之行
为了调查菲尔·埃里克森的死因，摩特和史高莉来到华盛顿州芒特阿瓦郎火山考察队。他们发现考察队员们行为古怪，表现多疑。其中一人还死于一种不知名的疾病。经过调查，他们了解到火山地质学家特里普克斯曾在机器人从火山带出的样品中发现了新的地下生物。然而这个发现却给考察队带来了意想不到灾难。
第二十集魔鬼化身
唐尼曾是殡仪馆的化装师，他因毁尸而被老板开除。从此，在明尼波利地区接二连三出现挖墓毁尸的案件。摩特怀疑这是一个性变态狂的所为，并很快会开始谋杀。果然，唐尼的兴趣从尸体转向活人。他骗杀妓女，寻机接触漂亮的姑娘。当他最终把魔爪伸向史高莉时，被当场擒获。
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