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第21集
王九想到医素问的方法，可大家还有想不通的地方，平常却在思仁的提点下得解，王九不禁对思仁产生好奇。要治好素问的病，另一种性格将会消失。素问知道了自己的病情，勇敢面对镜子，镜内出现灵枢，二人倾心交谈。对於留舍素问与灵枢，平常、草堂挣扎，后决定掷铜钱！草堂输了！手术之期快到，草堂跟灵枢作了生离死别┅┅素问因不忍心让灵枢离去，第三种性格出现，病情恶化，促使马上手术，手术後结果医好了灵枢，素问却消失了┅┅草堂失而复得，平常失去挚爱，只感痛苦难耐。
第22集
平常拼命干活来麻醉自己，众人视之万分难过。灵枢对平常淡然。而与草堂出双入对，平常更是伤心，故疏远二人。小猪见平常过度伤心，前来安慰开解，可平常并不领情。众人因平常事无精打彩，雷蕾提议去郊游，不足对王九与雷蕾言行醋味十足。可出其勤快的雷蕾却让大家感觉有些反常。後来，大家方知道，雷蕾母亲和婆婆在廿六岁都无缘无故死亡，所以，她相信自己得了绝症，廿六岁便会死去！不足知道雷蕾事後，甚是同情，对雷蕾也勤加照顾！
第23集
雷蕾的病其实是在自己心理的阴影下造成的，在王九的医治下，如凤凰浴火重生般的雷蕾，人生观改变，不再说谎，也不再赌钱，大家都感到欣喜。却疑惑她与王九的关系怎样发展下去之际，她却在众人依依不舍中决定离开！雷蕾离开，王九心情像是放开了些，跟不足的关系，有了一点微妙的进展。太医考劾之期将近，平常努力学习，进步神速。而草堂亦然，太医之位，他一定要得到，绝不能辜负所有人对他的期望┅┅灵枢对大家误认素问的身份一点不介意，而且与天命的关系也有所缓和。
第24集
经过连场的考试，平常及草堂双双进级。最後由成祖亲自出题，二人仍不分高下，太祖破格把二人皆收入太医馆！平常以为太医馆里是全国的大夫精英，必定大开眼界！原来太医皆十分官僚，只顾守著官位，但求有功不求无过。平常做事从不照规矩，秉承自王九的医道，以人为本，受到众太医的排挤。平常只感苦不堪言。草堂只因从小在天命身边，对官场看多了，心内虽不悦，仍能撑下去，他只盼望，有一天自己能掌大权，把太医馆作一番改革！这时，成祖生了病，群医诊治，平常应允一天将成祖治愈。
第25集
成祖久候平常，平常却带醉进宫，激怒成祖，成祖郁气全，不药而愈，成祖深庆得人，遂委派其帮天命研究“不死药”！王九得知後，严禁平常涉足“不死药”。平常假意应允，继续研制！灵枢每遇平常，总有以前素问跟平常一起时短暂的温馨片段在脑海中飞过，只感忐忑。天命怕平常超越自己，处处压制，灵枢看不过眼，与其吵嘴，更愤而躲了起来。平常开解灵枢，二人关系好转。草堂病倒，吃过一姑的药病情好转。可偶然发现一姑竟有和自己同样罕有的病，呆了。
第26集
草堂暗查发现了蛛丝马迹，暗中起了一姑丈夫骨查证，终证明与一姑是母子，只感晴天霹雳。草堂病发，需要换血方有生机，可他特别的血型只有一姑有此资格！换血手术一姑随时会有生命危险，可在一姑的苦苦恳求下，平常终答应。手术成功，草堂救活，一姑也无大碍。消息传开，大家认为平常比草堂更厉害，这令草堂比死更难受。一姑因手术後的并发症忽然病倒，危在旦夕。平常知道只有不死药才能医好一姑。天命借机向平常道出不死药方在王九处。平常寻之，王九否认，二人争吵。
第27集
平常欲拿犯人做试验，被王九阻止，王九道出当年农金匮为研不死药亲身试药却变得失去人性，暴力非常，还杀人并砍伤王九，後王九迫於无奈将金匮杀死！平常一时接受不了王九竟是杀父仇人的事实！一姑危在旦夕，在草堂拼命赶去的途中，一姑去了┅┅一姑的死，令平常经历了人生的最低潮，将自己关起来，不见任何人。小猪前来安慰，平常隔窗对小猪表明了他跟小猪是不可能的！小猪扑入路过的幸福怀里，痛哭起来┅┅平常没能救一姑，对自己失去信心，遂辞去官职，决定终生不再碰医术。
第28集
平常赋闲在家，被粟米拉去筹办皇上盛寿的巡回表演，过程中与灵枢频频接触，越来越像素问的灵枢令平常茫然不已┅┅草堂为成祖医病，成祖却当面夸赞平常，草堂不是滋味。草堂因不顺心，时时与灵枢争吵，事业与爱情均受到挫折。平常与草堂的关系亦越来越疏远┅┅小猪终於知道，最疼爱自己的是幸，二人开开心心的走到了一起。平常到城郊疯山见到一具尸体，向粟米报案！幸福见到平常从那人身上拿回来的钱袋外的一个图案，竟跟自己的一个小锦盒上面的图案一样┅┅
第29集
某夜，幸福被黑人捉去见疯山上的日本大将军即自己的父亲竹利义满。原来幸福来中土目的不光是求医道，而是“不死药”！而此次竹利这番日本武士西渡中土，是要协助蛰伏民间，图谋复位多年的惠帝推翻成祖！就在此时，草堂却在暗里跟思仁学起医术┅┅思仁并要草堂将一块麒麟香木献与皇上。成祖病重逼天命五天内研出不死药，否则要天命死。思仁及惠帝出现，收买天命。天命向成祖表示，三日後药可出炉，要成祖召集文武祭天後方可服药。
第30集
竹前义满三天後要求幸福回去当附马，幸福坦言为了小猪，愿意放弃一切名誉地位，义满气极，幸福坚持，最後，两父子断绝关系！王九对思仁起疑，跟踪到郊外，王九见到了惠帝，知道了一切真相，惠帝为表自己王者之气不杀王九，但王九唯一求生的机会是与思仁比赛医术。王九败了，全身经脉被思仁封了，变成全身瘫痪┅┅三日之限终到，天命献上不死药，可此药只要与皇上吸入的麒麟香木混合将成为剧毒，成祖及场中各大臣皆中毒。
第31集
惠帝领兵出现，并让众大臣拥护自己登基，便给各人解药！危在旦夕，幸福穿上太子服，答应竹利回日本成亲，并继承大业，向竹利求情┅┅竹利退兵。平常也以医术赢得思仁换取解药，惠帝功败垂成，与思仁皆自尽┅┅经此一役，成祖终明白所谓的不死药根本就是逆天而行之事！并答应平常不杀天命及草堂，但二人被终身监禁。幸福因要对竹利履行承诺离开了！可最终还是与小猪走在了一起┅┅平常治好了王九。时，王九带著已怀孕的不足归来┅┅灵枢突然晕倒，醒来後，竟记起素问的一切，终於，与平常走在了一起┅┅
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