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第十一集
肖世杰来到看守所调查陶大壮自杀的情况，所长告诉肖世杰，在这期间，邓建国和许智建都曾在陶大壮关押时来过看守所。肖世杰走后，所长立刻给某人打电话，通报了肖世杰来看守所的情况。肖世杰私下里将内心的疑点指向了许智建。
沈依萍根据国外的指示，利用茹曼达到他们的目的，开始对茹曼进行了攻心战，情感单纯的茹蔓对沈依萍的话毫不怀疑。
安柯的手下在运送炸药时，被警方截获，当场自杀，根据截获的名单，警方推断出境外黑势力想要绑架国际经济考察团的考察人员。在许智建的部署下，公安部门对考察人员进行了保护。境外黑势力调整计划，命令沈依萍搅乱华安市，乘乱进入研究所，制造病毒，在九天后的国际经济考察团大会上散放到会场。
安柯丧心病狂的在华安市天然气枢纽管道安装了炸弹，企图在考察团到来时，炸毁华安市。生性自负狂妄的安柯，安装完炸药后，电话告知了肖世杰，扬言他要将这份厚礼送给肖世杰和这个城市。许智建提出立刻对全市进行全面的搜查……
杨总经理突然心脏病死于宾馆的房间里，柴笑天完成自己的使命，获得了苗旭的信任，成为他的亲信。
第十二集
搜查工作一直在无绪中进行，而茹曼却对沈依萍的感情日渐深厚。
去医院换药的肖世杰无意中碰到送彭小玉去医院的安柯，两人的相遇让敏锐的肖世杰产生了无端怀疑。而两个护士无意的对话，却提醒了肖世杰，回到局里，他提出排查工作应该重点放在华安市的中枢——天然气管道的安装口。许智建默许了肖世杰的分析判断能力，警方从华安市天然气总工程师那里了解到，天然气管道的爆炸，不仅会将华安市夷为平地，还将危及到水库大坝，使下游地区的几个城市成为一片汪洋，形势非常严重。许智建决定撤消肖世杰对茹曼的保护，将他的工作重点放到这起可能的爆炸事件上。肖世杰不肯接受，摔上许智建的门转身离去。
苗旭也正在静观柴笑天和茹曼的进展。
肖世杰开始私下通过关系调查在舞厅坐台的彭小玉。
第十三集
因为撤消肖世杰的保护，茹曼找到许智建提出抗议，并通过自己的特殊身份，迫使许智建暂时收回了决定。肖世杰的助手于华在劝解茹曼时，流露出了自己多年来对肖世杰的感情。
沈依萍想和肖冰单独相处几天，却无法将肖冰从幼儿园接走，只得打电话叫来了肖世杰，肖冰依然不肯跟沈依萍离开，后来在同样来幼儿园接肖冰的茹曼的劝说下，肖冰勉强同意和沈依萍回去。
肖世杰知道彭小玉对安柯已明显有好感，因此守口如瓶，肖世杰无奈，只得通过另外的渠道接近彭小玉。
对天然气管道各个主要关口的排查工作，正在紧张进行中。
苗旭依旧在为控制茹曼做着种种安排。
第十四集
沈依萍利用保温瓶取得了茹曼的指纹，又利用一付特制的眼镜，获得了茹曼的视网膜，进一步实施了进入研究所的预谋……警方在排查炸弹的过程中，极为巧合地在隧道中，查到了一直隐藏在地下通道的苗旭手下毒贩郝老大一伙人，郝老大率领手下顽抗，双方展开了一场荷枪实弹的殊死搏斗……最后郝老大和手下束手就擒，一个胆小的手下供出了苗旭。
警方经过周密部署，决定抓捕苗旭，苗旭却提前得到消息逃离，由此，肖世杰加重了对许智建的怀疑，找借口检查了许智建的手机，却没有查出蛛丝马迹。而许智建，也正对发生的一系列事情，产生同样的质疑。同时，肖世杰得到了茹曼的父母来到华安市的消息。
苗旭为了保住自己，再次软硬兼施地和背后的神秘人物通了电话。
沈依萍开始部署实施进入研究所的计划。
第十五集
茹曼的父母对肖世杰极为不满，茹曼和父母发生了争执。
肖世杰以查暂住证为名，来到彭小玉的住处，再次和安柯直接面对，因为彭小玉对安柯的袒护，肖世杰并未查出任何疑点，只得让线人继续监视。
警方发现了苗旭的住处，肖世杰带队迅速赶到时，苗旭却已再次及时走脱，肖世杰开始对知情的两个局长同时产生怀疑。感觉到自己，正站在一个十字路口，进退维艰，而警察的使命又让他告诫自己不可放弃。
此时的安柯，已利用沈依萍提供的茹曼的视网膜，顺利地进入到实验室，
第十六集
肖世杰敏感察觉到研究所可能出现了问题，找到许智建请求调派警力，被许智建拒绝。肖世杰只得带着几个手下赶到研究所，并通过监控设备发觉了有人进入实验室，再次和安柯进行了交锋，打斗中安柯凭借曾经安装的热感监察器逃脱，但胸口中了一枪，留下了血痕。随后赶到的许智建向肖世杰道歉，肖世杰不置可否。
沈依萍命令安柯停止和肖世杰的争斗，暂时不得擅自行动。
肖世杰找借口调查到彭小玉的住处，再次被安柯蒙混过去。
苗旭在和自己背后的神秘人物见面，以重金诱惑其帮自己度过难关。
第十七集
沈依萍将一个装有摄像镜头的项链送给了茹曼，茹曼推辞不过只得接受。通过项链的摄像头，沈依萍将茹曼的举动全盘掌握。
为进一步查清案情，邓建国、许智建和肖世杰再次对郝老大进行审问，不料，郝老大当场翻供，指证肖世杰刑讯逼供。肖世杰的工作受到牵连，并一怒之下，和自己多年的合作伙伴纪正龙反目。邓建国勒令肖世杰停止对苗旭的调查。许智建却在上级面前为肖世杰说情。
始终关注肖世杰的于华，答应肖世杰协助他私下监视苗旭的行踪。
警方对苗旭的通缉因证据的丧失，只好取消。肖世杰怒斥苗旭，总有一天会将他绳之以法。
而茹曼再次看到当年写给柴笑天的情书后，内心产生了悸动。柴笑天告诉茹曼，自己是公安部打入苗旭的“王朝”内部卧底的消息，更是让茹曼大吃一惊。
沈依萍的即将离开，让肖世杰不免伤感，动情之际，肖世杰得到了地下通道发现不明物体的消息，匆忙赶去，在最紧要关头，和电脑专家一起排除了一组即将爆炸的数码炸弹。
第十八集
一场开诚布公的谈话，让肖世杰和纪正龙这对曾经一次次共同出生入死的战友，再度联手。肖世杰伪造了一份邓建国的手谕，来到看守所提审郝老大，恰遇郝老大和他的手下中毒身亡，郝老大临死对肖世杰说了至关重要的一句话。
肖世杰在邓建国办公桌抽屉里，无意发现了一个电话卡……肖世杰指派于华查清了那枚电话卡的秘密，证实了自己多年来视做手足的邓建国，就是公安内部苗旭的保护伞。
许智建也接到省公安厅的指示，信赖柴笑天并配合他的行动……面对生活中人与事的一系列翻天覆地的变化，茹曼不由发出深深感触。
拿到资料和部分元素的柴笑天向苗旭提出要和直接要货人见面。
肖世杰通过线人得到的安柯的指甲，经过DNA检测后，确定了安柯就是屡次进入研究所的罪犯。警察赶到彭小玉的住处后，安柯已离开。
第十九集
安柯从电脑监控器上，发现有人接近他安放在水库大坝下面的炸弹，化妆成公安干警，进入隧道，却与正在准备排除炸弹的肖世杰相遇，两人经过殊死的搏斗，肖世杰负伤，安柯毙命。
肖世杰终于将钛金属真空炸弹排除……
沈依萍看过柴笑天获取的资料后，同意和柴笑天见面。
苗旭安排李栋在交易完成以后杀掉柴笑天。
沈依萍对刚刚对她产生了感情的肖冰依依不舍。内心的罪恶和母亲的天性，让沈依萍痛苦不堪却无退路。
肖世杰质问了自己信任多年的战友邓建国，告诉他自己终将把苗旭绳之以法。邓建国竭力否认，内心慌乱不堪。
沈依萍开始实施最后的犯罪计划，她设计引开茹曼身边的警察，绑架了茹曼。
第二十集
邓建国的事情败露以后，开枪打死了苗旭，跟踪而来的肖世杰目睹了一切，邓建国企图杀死肖世杰，制造肖世杰和苗旭在对射中同时死亡的假象，此时许智建派来保护肖世杰的欧阳带着刑警赶到现场，击毙了邓建国。
沈依萍绑架并在茹曼的腿上绑了一枚炸弹，拿着茹曼的证件赶去了研究所，无法挣脱绳索的茹曼最后按响了定位仪。
此时的沈依萍已经完成了病毒的合成。
肖世杰和柴笑天找到茹曼，茹曼告诉两人，沈依萍要将病毒放入会场的中央空调……肖世杰急忙赶去会场，柴笑天留下帮茹曼拆除炸弹。
在炸弹即将爆炸的最后一秒，柴笑天在肖世杰的电话指导下，终于将炸弹拆除。
潜入会场空调房的沈依萍正要释放病毒，肖世杰及时赶到，在千钧一发之即，将执迷不悟的沈依萍亲手打死，避免了这场惨重悲剧的发生。一切结束后,肖世杰抱着孩子回了省城。
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