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动画片《名侦探柯南》主要剧情简介：
身为女明星的沙朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一(即Kid的父亲)学习易容术，两人因此相识。真实身份为黑衣组织杀手的沙朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。新一和小兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了沙朗，但是在歌剧开演前沙朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找沙朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发强盗的赤井秀一，后又在废仓库遇见受伤的，逃跑中的银发强盗。银发强盗在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发强盗被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。(按照后来剧情的说法，当时的银发强盗其实是沙朗为让赤井秀一掉以轻心以便于刺杀而假扮的(但是好像仍没有成功，自己还挂了彩)，这也是为什么现场所有的痕迹都被抹去的原因(当然真正的银发强盗早已被灭口并伪装成自杀)。正因为沙朗被两人救过命，所以日后才对两人处处维护。事后她在和有希子的电话中提到的“看来我也有自己的天使”指的应该就是兰(此后一直将兰称为天使)。另外故事最后提到赤井秀一和FBI在一起，暗示了他的身份)。沙朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去，在组织里代号是“贝尔摩的”(Vermouth即苦艾酒)(假造死亡的原因可能是身份暴露，不过她应该有过某种际遇，以至于真实的面貌也变得很年轻(可能和新一见面时候的样子已经是化妆过的了)，以后我们就称她为“贝尔摩的”)。工藤新一被黑衣组织攻击，并被Gin强行灌下APTX4869而变成了柯南。
柯南偶遇黑暗组织的成员Tequila，但是他被炸死。化名广田雅美，黑暗组织的基层成员宫野明美参与了黑暗组织10亿元抢劫案，得手后因背叛组织被Gin所杀，其妹妹宫野志保因此不愿继续APTX4869的研究而被囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4969想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。因为她之前已经知道新一也变小了，所以想要向他求助，最后倒在新一家门口，被博士所救，并寄住阿笠博士家。
新出明智的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案(这是真正的新出明智唯一的一次出场)，同时为保护无辜的女佣，警方修改的案件纪录，这一点日后被朱蒂用来指证假冒的新出明智。 哀被组织成员Pisco绑架，后在柯南的协助下逃脱，Pisco因身份暴露被Gin灭口(当时贝尔摩的也在现场，事后熄影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员)。
贝尔摩的制造车祸企图害死新出明智一家，并开始假冒新出明智的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩的来到了日本，在察觉了贝尔摩的的企图后暗中救下新出明智，并且自己以蒂丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视(朱蒂通过比对指纹，发现了沙朗=贝尔摩的的秘密)。
柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩的以及朱蒂老师发现(贝尔摩的这时就已经知道新一没死，但是估计还没猜到柯南=新一，也没有告诉组织)。朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案(这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕。不过事后她打电话给同伴时，“腐烂的苹果”的代号指的是化妆成新出的贝尔摩的)。
少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。(现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩的，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩的都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人(现在看来应该是协助朱蒂监视贝尔摩的)，另外值得一提的是新出(贝尔摩的)在车上有维护柯南的举动)。
柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士布来克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走(这个詹姆士应该事朱蒂和赤井的上司，这一集主要就是让他露一下面，以免以后出现时过于唐突)。
佐藤警官去和白鸟相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止(本集唯一值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出(贝尔摩的)帮助他园了谎，这表明了贝尔摩的这时候已经知道了柯南=新一的秘密，原因可能是身为有希子好友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密，当然，他仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物)。
毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩的，主要目的是了解与新出相关的那个案件(可惜仍然遗漏了细节)，将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。
×△□○事件，柯南又一次在朱蒂面前破案，案件本身仍然无关紧要，这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过“带黑色针织帽的男子”(即赤井秀一)；最后就是在故事结尾贝尔摩的发邮件GIN，提到了Sherry，并且向打了叉的宫野志保(即哀)的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。(这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩的的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出(即贝尔摩的)的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩的的目标是哀，不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩的的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出)。
少年侦探团成员去森林中寻找光彦，本集中提到了另一个组织的成员邵渊己一郎，其实此人在浪花连续杀人事件就曾出现，而且不过是组织里一个无足轻重的角色而已。小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员Tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记(案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩(应该就是指他的女朋友)另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情)。
柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板苍与伏特加接头，但是被Gin识破而失败(虽然是和黑暗组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大(感觉Gin和伏特加都被排除在主线之外了)，唯一的影响就是最后柯南和哀离开，时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，看来我们的柯南离“拯救世界”的老套不远了)。
金钱买不到的友情，剧情本身和主线无关，但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾理娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划。
少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃(最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩的的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息)。
哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩的将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面(这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩的和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩的还在博士家安了窃听器)。
博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。(哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩的打电话找组织成员“Calvados”(即苹果酒)来帮忙，正策划着某项行动)。
朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务(显然是也将有所行动)，不过在兰和园子到朱蒂家中开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片。
贝尔摩的策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩的引入陷阱，但是贝尔摩的已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个密底纷纷揭晓，形势几变，具体情节这里也不详述了。最后贝尔摩的还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过兰，兰仍然一无所知……总之一切情形照旧，青山骗钱计划继续！朱蒂邀请哀加入“证人保护计划”，被哀拒绝。
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