| 第21集
会议上，谭忠恕命李伯涵简报了木马计划，刘新杰从中了解到这是一个训练加潜伏的计划。并且训练已完成，而下一步潜伏行动，也已经开始启动了。但对于木马计划的训练内容，和潜伏的目标。谭忠恕仍有所保留。
任务已经完成，李伯涵为丁三指了一条生路。由于刘新杰之前的提醒，丁三判断出这是李伯涵要对他灭口。路途中，丁三用事先准备好的毒气弹逃过一劫。
谭忠恕的卧底何秀宁依然在跟随着周汉亭，并且，已经加入到周汉亭的工作当中了。
通过调查木马基地，水手分析出木马潜伏的目标是针对于工矿企业，并且评估了它所带来的严重后果。
由于战局不利，撤退台湾的指令提前实施，谭忠恕命齐佩林提前给马蔚然定性。尽管已从李德元的报告中得知卧底不是马蔚然。但为了提前公布木马计划，只好如此。
在整理丁三遗留物品时，李伯涵发现了一个本子，上面记录着一些密码。李伯涵请来破译专家，经分析，发现了丁三藏留的一份资料。一份针对顾晔佳的调查资料。
按照水手的设计，庄云清一早死亡，这个突发事件使摩西计划有变。所以，谭忠恕决定先处理26名犯人的问题。谭忠恕、刘新杰和齐佩林一起来到了九曲桥监狱。由于庄云清的死，吸引了大量的记者，所以监狱这边比平时少了许多。这也是谭忠恕选择在今天动手的原因。刘新杰故意向他们展示了卡车的原理，卡车的发动与毒气的流出是合为一体的。谭忠恕看了很满意。齐佩林在安抚门口记者们时，向他们解释说卡车是用来运医用物资的。但记者们还是保留怀疑的态度。
第22集
按照原定的计划，26名犯人被押解上车，关上车门后。犯人们戴上早在车里准备好的防毒面具。卡车启动，随之开出了大门，而在门口等候的记者跟着卡车追了上去。在顺利的摆脱记者的跟踪后，阿九把车开到了秘密地点并换了另一辆装有死尸的车向墓地开去。谭忠恕刚回到局里就收到了李伯涵的辞职报告，他决定考虑后再做决定。就在这时，他又接到了一个电话。原来，谭忠恕秘密安排了人对卡车进行跟踪，跟踪人发现了此次行动居然有两辆卡车。谭忠恕随之赶到现场，知道其中一辆车已正常的开到墓地。于是，他们向另一个卡车处奔去。在市中心，谭忠恕看到了被记者围住的第二辆车。记者一拥而上，强行把车打开，发现里面真是医用物品。此时，在远处观察的谭忠恕，露出了满意的微笑。
李伯涵受命去调查庄云清的办公室，成功的获得了庄云清指挥船队的发报机印鉴和密码，并汇报谭忠恕，有了这些，就可以控制庄云清的船队了。
孙大浦用枪挟持了刚刚回家的刘新杰。齐佩林闻讯赶来，经询问才知道，由于李伯涵的提醒，孙大浦用另一种方式查出了98266电话是打到刘新杰家中的。刘新杰解除挟持，并反客为主的把责任巧妙的推到了马蔚然头上。而在解释枪伤为何在自己身上时，谭忠恕的电话将他打断。刘新杰应邀来到了布庄，发现何秀宁在向谭忠恕汇报工作。这才知道，原来谭忠恕早就控制住了水手小组的行动信息。通过何秀宁，谭忠恕不但知道了周汉亭就是新军师，还了解到今晚在码头，水手会有行动，很有可能是水手出逃。于是他叫刘新杰去酒吧监视周汉亭，并等候下一步命令。
联系不上水手，又不能坐以待毙，刘新杰决定叫阿九出来做好战斗准备。此时，水手与妻子来到庄云清的秘密住所。原来，今晚的行动就是要转移死而复生的庄云清。
第23集
由于没有做出枪伤的解释，这使齐佩林和孙大浦对刘新杰心存疑虑，但因证据不足，齐佩林决定暂时不向谭忠恕说明此情况。李伯涵在当晚秘密的抓捕了顾晔佳并把她关了起来。齐佩林和孙大浦到达八局后，谭忠恕下达了新的命令。由于此地码头众多，人手又不够，而且并不知水手的行动会发生在哪个码头。所以，谭忠恕决定先让孙大浦对周汉亭酒吧的电话进行监控，再叫齐佩林袭击何秀宁所控制的交通站。这样就可以引出周汉亭通知水手的行为。从而也就有利于知道水手所在的码头位置。
孙大浦在安装监听装备时，找到酒吧附近负责监视的刘新杰，传达下一步任务并追问其枪伤问题，刘新杰又进行了一番搪塞，依然把问题推到了马蔚然头上。此时，水手夫妇开车载着庄云清，向和平码头出发了。齐佩林对交通站进行了攻击，其手下却不小心杀死了何秀宁。
周汉亭接到了下属的汇报，得知交通站被袭击，并知道已有危险，决定只身前往码头去通知水手。而这些举动，早在谭忠恕的监控范围内了。由于事态紧迫，刘新杰无法阻止周汉亭的行动，只好和阿九先偷偷跟了上去再说。水手夫妇到达和平码头，并成功的将庄云清送上船。此时，刘新杰和阿九一前一后的跟随周汉亭来到了和平码头，并发现周边的特务不断的向此地增援。
周汉亭的举动，使谭忠恕分析出了行动的地点就是“和平码头”，并通知了在码头安插的两个眼线，命令二人对范围内所有的可疑人物进行搜查。同时，谭忠恕命令齐佩林前去支援，并对此地进行封锁包围。水手夫妇准备撤离时却遭到了两名眼线的袭击。周汉亭赶到并参加了战斗。不料，再次增援的特务又一次堵住了门口。而周汉亭也壮烈牺牲。
第24集
交火中，水手夫妇相继负伤。危机时刻，刘新杰和阿九赶来击毙了敌人。并安排撤离，刘新杰命令阿九带着重伤的段太太开车从大路走，水手骑摩托从后门走。他知道，大路这边肯定会遇到更多的敌人。但这样，才能保证水手这一边的安全。
阿九驾车进入了包围圈，受到了阻击。最终和段太太一起用手雷自尽。
齐佩林赶到码头，救起了负伤的刘新杰。途经阻击地点，刘新杰看到了炸毁的汽车，晕倒在地。
水手成功逃离后，深夜潜入药店，盗取药物为自己疗伤。第二天，水手丢弃的摩托车被找到。齐佩林也通过现场发现的口红断定死亡的其中之一是女人。分析过后，谭忠恕命令齐佩林全力调查现场逃亡两人的身份。
孙大浦看到刘新杰枪伤的缝合线，得出绝非自己能处理的定论后，彻底消除了对刘新杰的怀疑。自告奋勇的在医院里照顾刘新杰。
谭忠恕来医院看望并询问昨晚的经过。刘新杰用事先编排好的内容回答时。却令他的脑海中不由自主的重现着昨晚的恶梦。水手料到妻子会出意外，并赶回家里匆忙烧毁了有关妻子的证据。齐佩林通过贿赂破译专家，得到了丁三的密码本。并叫丁三把内容翻译出来。走投无路的丁三找到齐佩林并寻求帮助。齐佩林收留了他。并把他带到水手逃离的现场，命他进行调查。丁三从一路上水手留下的踪迹中，得到了不小的收获。
第25集
谭忠恕命令齐佩林把段海平的关系交接过来。并打算给刘新杰放个长假。
在丁三的暗中帮助下，齐佩林找到了水手的中转站。发现屋中水手处理伤口后的残留物。
木马计划的潜伏阶段也渐入尾声，李伯涵主动提出把木马计划交出，并请求谭忠恕批准他的辞职申请。谭忠恕以木马计划未完成为理由驳回了申请。
阿九牺牲后，刘新杰安排并护送宋敏仪撤离，在途中，敏仪发现顾晔佳的住所已遭到监视，刘新杰断定顾晔佳已经出事了。当敏仪想到阿九也姓刘时，便猜到了阿九其实是刘新杰的亲弟弟。宋敏仪安全撤离，并在离别前把家里的钥匙交给了刘新杰。
已在控制之中的庄云清船队突然中断了联系，孙大浦前往总局询问具体信息。谭忠恕为此忧心忡忡。
齐佩林发现段海平没有出现在庄云清葬礼上，而且在筹备人员名单上也没有段海平的名字。他断定，此人有重大嫌疑。在汇报给谭忠恕后，齐佩林带人搜查了段海平的家。
李德元终于探听到了卧底的身份。但因通讯站的暴露，不仅使他无法及时发送信息，还涉及到了自己的安全，李德元急忙逃离了解放区。
第二天，庄云清的船队信号再次出现，孙大浦与其恢复了联系。谭忠恕还是不放心，并命令孙大浦找到船只的具体位置。通过提取段海平家中和水手中转站的指纹比对，水手的身份已经暴露。齐佩林也已查到了水手租用的小旅馆。并控制好了一切。谭忠恕命刘新杰去车站发放通缉令，完成后赶到旅馆与齐佩林会和。刘新杰完成任务后赶到旅馆，齐佩林告知，水手已经逃跑。刘新杰随即回到车上打算回家。谁知，水手已经坐在他的车中。
第26集
刘新杰把水手带到郊外的撤离通道处，要求水手马上撤离。水手以还有事情没做完为由拒绝撤退。刘新杰询问是什么事情，水手拒绝告诉他。二人发生了争吵。齐佩林知道李伯涵关了一个人，便向其询问。在答应李伯涵会替他保守秘密后，才知道抓的人是顾晔佳。李伯涵近来的行为令齐佩林对他有所怀疑。无论是交出木马、申请辞职，还是几次的单独行动，这些背后的原由都是齐佩林想知道的。于是他决定，在面对李伯涵的策略上要改一改，他要接近李伯涵。庄云清的船队在规定日期内还没有到达上海，这令谭忠恕很是不安，于是找来海关人员帮忙调查。
在谭忠恕得知从和平码头离开的人是庄云清时，他绝望了。庄云清的走就预示着船队的离去。摩西行动的失败叫谭忠恕彻底的疲倦了，随着撤退台湾日期的临近，谭忠恕把局里的任务都交给了齐佩林，他决定要休息休息了。谭忠恕回到家中，躺在床上睡去，看得出，他对一切，都已失去了兴趣。
在得知刘新杰已知道顾晔佳失踪的消息后，齐佩林通知了李伯涵，并承诺自己会站在他这一边。
海关人员传来消息，庄云清船队已开往北方。而早就锁定信号范围的孙大浦此时发现，冒充船队信号的发报地点竟然就在上海市区内。
深夜，在搜索冒充船队信号的可疑范围内，孙大浦与齐佩林锁定了一所住户，断定信号是从这里发出的。他们包围了四周，冲进屋里才发现，段海平就坐在发报机前。
谭忠恕被电话吵醒，得知水手已找到，他急忙赶到了地点。见到了齐佩林和孙大浦后，得知水手已遣散了所有下属。
第27集
齐佩林发现了水手丢掉的器皿，并找人对其作用进行研究。水手的捕获使谭忠恕再次提起兴趣。第二天，他决定对水手进行审讯。
在一阵寒暄过后，谈话进入正题，水手预测出八局将遇到危机，而谭忠恕也将面临被停职的局面。不但如此，对于谭忠恕的性格和为人处事的方式，水手也分析的十分透彻，并且，也道出了谭忠恕早已厌倦了一切，即将丢失信仰。谭忠恕对此不予否认，深表敬佩。当询问到卧底身份时，水手毫不抗拒的把真相说了出来，并告知刘新杰已逃跑。谭忠恕第三次中断谈话，来到隔壁，孙大浦告知刘新杰已消失了一天。此时，齐佩林发现水手不断喝水的异常举动，三人冲进审讯室，发现水手已经停止了呼吸。突如其来的一切，令在场人震惊，谭忠恕随即下令封锁现场，对外保密。
齐佩林和孙大浦搜查了刘新杰的家，但一无所获。
谭忠恕命孙大浦暂时接手总务处，全局休息三天，并对外宣称刘新杰病重。全面封锁消息。此时的刘新杰找到了关押顾晔佳的地方，并打晕李伯涵，把顾晔佳救了出来。谭忠恕在得知家里安全后，放下心来。并向家人也保密了此事。而此时谭母也已猜出并接受了移民台湾的计划。齐佩林知道谭忠恕与刘新杰的关系，也了解到谭忠恕内心中的痛苦，于是用私人关系秘密进行搜索，并严令保密。
第28集
李伯涵来到局里，把刘新杰救走顾晔佳的事情告诉谭忠恕，并分析出了顾晔佳的共产党身份。
由于顾晔佳被动了刑，刘新杰把她带到私人诊所里救治。刘新杰不愿看到这位无辜的姑娘再被自己连累，决定将其转移。在告诉顾晔佳转移路线的时候，顾晔佳才知道，刘新杰就是031。原来，水手曾把这条转移路线告诉过她，也告知这条路线只有031知道。
刘新杰把顾晔佳扶进车里，正准备动身。李伯涵赶到，并把他们包围了起来。此时，齐佩林赶来并告诉刘新杰顾晔佳真是共产党。刘新杰才明白了一切。危急时刻，为了掩护刘新杰的身份，顾晔佳拿枪顶住了刘新杰的脑袋。刘新杰驾车冲出了包围圈，但顾晔佳也被楼上的狙击手打中。
孙大浦向谭忠恕就秦佑天暗杀现场之事，进行了一番新的推论。论证出现场的一切痕迹有可能是伪造的。
载着奄奄一息的顾晔佳，刘新杰把车开到郊外。二人终于相互澄清了自己的身份。可顾晔佳也因中枪而牺牲。
齐佩林赶到郊外，发现了顾晔佳的坟。但刘新杰已经不在。
谭忠恕，齐佩林和孙大浦从新反思着刘新杰是卧底的结论，此时，谭忠恕接到刘新杰的电话，刘新杰请求在酒吧和他单独见面。
次长欧阳炳耀来到了八局，宣布了上峰下达的对八局协管命令。谭忠恕、齐佩林和孙大浦被停职，而李伯涵则任命为代理局长。对于刘新杰是卧底之事，欧阳炳耀下了定论。原因是李德元已把探听到的名字告诉了他。
夜晚，欧阳控制着谭忠恕，带人在酒吧，等候抓捕刘新杰。
第29集
谭太太给在酒吧被控制的谭忠恕打电话，告知了新杰此刻就在家里。刘新杰向她要了些钱，便离开了。
谭忠恕告诉欧阳，刘新杰晚上不会来了，便离开了酒吧。欧阳下达了对谭忠恕的全天监视命令。
水手的消失使刘新杰成了孤家寡人。为躲避追捕他来到了阿九的家里。正当刘新杰感到孤立无助时，他发现阿九家报纸上水手留给他的信息。按照指定地点，刘新杰来到一间屋内，并在柜中发现了水手留下的录音机。
通过水手的录音，刘新杰才知道，他已经经设计好了一切。
原来，从水手被捕，到供出刘新杰，再到自己的死亡，都是计划中的一部分。并且，水手知道，他故意留下的线索，会在谭忠恕心里埋下疑惑的种子，会质疑眼前发生的一切。而李伯涵暗通欧阳，使八局遭到裁撤的局面，也在水手的意料之中。他还知道，遭到停职的谭忠恕，齐佩林和孙大浦会在当前的时局下，暗中行动，并一步一步掉进怀疑的陷阱，从新审视已得出的定论。水手告诉刘新杰，要时刻准备好，当谭忠恕召唤自己的时候，也是证明自己“清白”的时候。
果然，在三人经过一番准备后，谭忠恕启动了行动的开关。
第30集
齐佩林凭借谋到的九局筹建专员的职务，接近李伯涵，并成功的把他引到了谭忠恕家中。而早在谭家中埋伏的丁三，挟持住了前来的李伯涵。
此时的八局里，谭忠恕，齐佩林和孙大浦在诱骗过来的欧阳面前，开始了推翻当前所有定论的行动。经分析，他们得出了以下结果。与马蔚然关系密切的李伯涵，二人一起设计了亚新饭店现场，并嫁祸给了刘新杰。李德元得来的消息，是共产党设计好并故意透露给他的。为的也是嫁祸给刘新杰。
水手指认刘新杰的真实目的是为了保护拥有木马计划的同伴李伯涵。此时，已知一切而装作不知的刘新杰，按照约定时间，来到了八局。更加证实了自己的“清白”。
最终，凭借水手生前计划好的一切，成功的把罪名嫁祸给了李伯涵。丁三随之结束了李伯涵的生命，而李伯涵手中的木马计划，也被国民党自动放弃了。
谭忠恕和刘新杰来到了水手的坟前。谈话中，刘新杰含蓄的表露了自己的多重身份，而谭忠恕也已猜到了一切。兄弟二人最终分道扬镳…………
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